私もxserverを使用していますが、ディレクトリやファイルがapacheで作成されることはなく、web上から作られたものも自分のIDがオーナーとなっています。
一度xserverのサポートに問い合わせされてはいかがでしょうか。
実際にダウンロードして試したわけではないため上記サイトのソースからの推測ですが、
スタイルシートで背景色が#333;と暗めの色に指定されているようです。
bodyの背景色設定を例えば
background-color:#FFFFFF;
のように変更すれば白になると思います。