自己解決しました!
以前の作業の際、親テーマから子テーマへitiran-thumnail-on.phpをコピーしていたんですが、そのコピーがどういった理由か中身が空っぽの0KBのファイルになってました。
なのでその0KBのファイルを削除したらカテゴリー一覧も問題なく表示できるようになりました。
カテゴリーについてはこれでOKなんですが、サイドバーの「タグクラウド」はやはり表示されません。試しにアーカイブやカレンダーなど他のウィジェットを入れてみたんですが、それは普通に表示されました。
なぜタグだけ表示されないのか、どなたかアドバイス頂けると嬉しいです。
これも気付いたんですが、
サイドバーウィジェット内に、入れているはずの「タグクラウド」が表示されず、入れた覚えのない「最近の投稿」が表示されてしまいます。
何か参考になるサイトでもいいので無いでしょうか?