複数カラムのorderの2個目は反映されないという仕様を知り、汚いですが下記の様に自己解決しました。
// functions.php
function force_order($orderby, $query) {
return $query->get('force_order') ? $query->get('force_order') : $orderby;
}
add_filter('posts_orderby','force_order');
query_posts('force_order=menu_order ASC, ID DESC')
すみません、もっとしっかり調べるべきでした。
とても助かりました、ありがとうございます!