kurosquare

wp_list_categoriesと違い、wp_get_archivesにはcurrent_categoryという引数がないため、新しく関数を作るか、既存のwp_get_archivesを変更するしかないでしょう。
全くおすすめはできませんが、以下のように変更すれば、ご希望の形に近くはなります。

general-template.phpを変更します。

変更前

function wp_get_archives($args = '') {
…
(中略)
…
 } elseif ('yearly' == $type) {
   if ($arcresults) {
    $afterafter = $after;
     foreach ( (array) $arcresults as $arcresult) {
       $url = get_year_link($arcresult->year);
       $text = sprintf('%d', $arcresult->year);
       if ($show_post_count)
         $after = '&nbsp('.$arcresult->posts.')' . $afterafter;
           $output .= get_archives_link($url, $text, $format, $before, $after);
         }
       }
     } elseif ( 'daily' == $type ) {
（以下略）

変更後

$after = '&nbsp('.$arcresult->posts.')' . $afterafter;
if ($arcresult->year == get_year_link(get_the_time('Y')))){
  $before = $before . '<span class="current">';
  $after = '</span>' . $after;
}
$output .= get_archives_link($url, $text, $format, $before, $after);

あくまで、ご参考まで。

リクエスト時のHTTPステータスコードは404になっていますか？

当該ディレクトリの.htaccessに、例えば
ErrorDocument 404 /404.html
と記述しても同じ内容が表示されますか？

Disable wpautopプラグインを使用したり、
wp-includes/default-filters.phpで
//add_filter(’the_content’, ‘wpautop’);
にする、という以外の解決方法を探しています。

既出かと思いますが、テーマのfunctions.phpに
remove_filter('the_content', 'wpautop');
を追加するくらいでしょうね、考えられる方法としては。

PHPのshort_open_tag=Offになっているという前提で、
最新の3.4.0であれば、breadcrumb_navxt_admin.phpの1040行目と1248行目の
<?
を
<?php
に変更してみるといいかもしれません。

＞XREA、CORESERVER.JP ほかセーフモードのサーバをお使いの方へ

WP2.7がリリースされたのでXREAにて自動アップデートを試してみました。
プラグインの自動アップデートと同じように、update-core.phpをCGIモードで動かせばよさそうです。

.htaccessはこんな感じですねー。

<Files update-core.php>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
</Files>

各サーバの情報まとまりましたら、Codexの方もよろしくお願いします。