自己解決いたしました。お騒がせいたしました。WP3.6にアップデートした直後の不具合でしたが、デバッグモードで調べたところ、特定のプラグインが不具合を引き起こしていることがわかりました。プラグインを外したところ元に戻りました。本体のアップデートにプラグインがついていってないことがよくわかりました。ということで閉じさせて頂きます。
サーバーの情報も付け加えておきます。
・さくらレンタルサーバー
・サブディレクトリタイプのマルチサイト
(ルートでは無くサブディレクトリ内にインストールしたWPでマルチサイト化)
以上です。