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1）テーマの functions.php に以下のようなコードを書けばOK。
※デフォルトのタグが dl, dt, dd なのでアイコン用タグ（dt）の中にタイトルを入れていますが、お好みで変更してください。

apply_filters( 'post_gallery', 'my_post_gallery', 10, 2 );
function my_post_gallery( $output, $attr ) {
  // We're trusting author input, so let's at least make sure it looks like a valid orderby statement
  if ( isset( $attr['orderby'] ) ) {
    $attr['orderby'] = sanitize_sql_orderby( $attr['orderby'] );
    if ( !$attr['orderby'] )
      unset( $attr['orderby'] );
  }

  extract(shortcode_atts(array(
    'order'      => 'ASC',
    'orderby'    => 'menu_order ID',
    'id'         => $post ? $post->ID : 0,
    'itemtag'    => 'dl',
    'titletag'   => 'div', // ★追加
    'icontag'    => 'dt',
    'captiontag' => 'dd',
    'columns'    => 3,
    'size'       => 'thumbnail',
    'include'    => '',
    'exclude'    => '',
    'link'       => ''
  ), $attr, 'gallery'));

  $id = intval($id);
  if ( 'RAND' == $order )
    $orderby = 'none';

  if ( !empty($include) ) {
    $_attachments = get_posts( array('include' => $include, 'post_status' => 'inherit', 'post_type' => 'attachment', 'post_mime_type' => 'image', 'order' => $order, 'orderby' => $orderby) );

    $attachments = array();
    foreach ( $_attachments as $key => $val ) {
      $attachments[$val->ID] = $_attachments[$key];
    }
  } elseif ( !empty($exclude) ) {
    $attachments = get_children( array('post_parent' => $id, 'exclude' => $exclude, 'post_status' => 'inherit', 'post_type' => 'attachment', 'post_mime_type' => 'image', 'order' => $order, 'orderby' => $orderby) );
  } else {
    $attachments = get_children( array('post_parent' => $id, 'post_status' => 'inherit', 'post_type' => 'attachment', 'post_mime_type' => 'image', 'order' => $order, 'orderby' => $orderby) );
  }

  if ( empty($attachments) )
    return '';

  if ( is_feed() ) {
    $output = "\n";
    foreach ( $attachments as $att_id => $attachment )
      $output .= wp_get_attachment_link($att_id, $size, true) . "\n";
    return $output;
  }

  $itemtag = tag_escape($itemtag);
  $captiontag = tag_escape($captiontag);
  $icontag = tag_escape($icontag);
  $valid_tags = wp_kses_allowed_html( 'post' );
  if ( ! isset( $valid_tags[ $itemtag ] ) )
    $itemtag = 'dl';
  if ( ! isset( $valid_tags[ $captiontag ] ) )
    $captiontag = 'dd';
  if ( ! isset( $valid_tags[ $icontag ] ) )
    $icontag = 'dt';

  $columns = intval($columns);
  $itemwidth = $columns > 0 ? floor(100/$columns) : 100;
  $float = is_rtl() ? 'right' : 'left';

  $selector = "gallery-{$instance}";

  $gallery_style = $gallery_div = '';
  if ( apply_filters( 'use_default_gallery_style', true ) )
    $gallery_style = "
    <style type='text/css'>
      #{$selector} {
        margin: auto;
      }
      #{$selector} .gallery-item {
        float: {$float};
        margin-top: 10px;
        text-align: center;
        width: {$itemwidth}%;
      }
      #{$selector} img {
        border: 2px solid #cfcfcf;
      }
      #{$selector} .gallery-caption {
        margin-left: 0;
      }
      /* see gallery_shortcode() in wp-includes/media.php */
    </style>";
  $size_class = sanitize_html_class( $size );
  $gallery_div = "<div id='$selector' class='gallery galleryid-{$id} gallery-columns-{$columns} gallery-size-{$size_class}'>";
  $output = apply_filters( 'gallery_style', $gallery_style . "\n\t\t" . $gallery_div );

  $i = 0;
  foreach ( $attachments as $id => $attachment ) {
    if ( ! empty( $link ) && 'file' === $link )
      $image_output = wp_get_attachment_link( $id, $size, false, false );
    elseif ( ! empty( $link ) && 'none' === $link )
      $image_output = wp_get_attachment_image( $id, $size, false );
    else
      $image_output = wp_get_attachment_link( $id, $size, true, false );

    $image_meta  = wp_get_attachment_metadata( $id );

    $orientation = '';
    if ( isset( $image_meta['height'], $image_meta['width'] ) )
      $orientation = ( $image_meta['height'] > $image_meta['width'] ) ? 'portrait' : 'landscape';

    $title = wptexturize($attachment->post_title); // ★タイトル（またはバナー）を代入

    $output .= "<{$itemtag} class='gallery-item'>";
    // ★3行下でアイコン用タグの中にタイトルを入れています！
    $output .= "
      <{$icontag} class='gallery-icon {$orientation}'>
      <{$titletag} class='gallery-title'>$title</{$titletag}>
        $image_output
      </{$icontag}>";
    if ( $captiontag && trim($attachment->post_excerpt) ) {
      $output .= "
        <{$captiontag} class='wp-caption-text gallery-caption'>
        " . wptexturize($attachment->post_excerpt) . "
        </{$captiontag}>";
    }
    $output .= "</{$itemtag}>";
    if ( $columns > 0 && ++$i % $columns == 0 )
      $output .= '<br style="clear: both" />';
  }

  $output .= "
      <br style='clear: both;' />
    </div>\n";

  return $output;
}

マークアップはお好みで◎

$cats = get_the_terms( $post, 'category' );
$ids  = wp_list_pluck( $cats, 'term_id' );
foreach( $cats as $cat ) {
  if( ! $cat->parent ) {
    $url = get_term_link( $cat );
    echo "<a href=\"$url\"><b>{$cat->name}</b></a><br>"; // 大カテゴリ

    $children = get_terms( 'category', array(
      'child_of'   => $cat->term_id,
      'hide_empty' => false, // またはお好みで true
    ) );
    foreach ( $children as $child ) {
      $url = get_term_link( $child );
      if ( in_array( $child->term_id, $ids ) ) {
        echo "<a href=\"$url\">_<b>{$child->name}</b></a><br>"; // 記事が属する小カテゴリ
      } else {
        echo "<a href=\"$url\">_{$child->name}</a><br>"; // 記事が属さない小カテゴリ
      }
    }
  }
}

>一覧表示はされますが（値の数字のみ）
このリンクの URL（1個だけで良いです）と
WordPress のバージョンと
WordPress 管理画面［設定｜パーマリンク設定｜共通設定］の値を
お知らせください。

検索対象の記事を glossary が glossary_category, glossary_tag の値のもののみに制限する、ということなら以下でOK。

add_action( 'pre_get_posts', 'my_pre_get_posts' );
function my_pre_get_posts( $query ) {
  if ( is_admin() || ! $query->is_main_query() )
    return;

  if ( $query->is_search ) {
      $query->set( 'tax_query', array(
        'taxonomy'  => 'glossary',
        'terms'      => array( 'glossary_category', 'glossary_tag' ),
        'field'      => 'slug',
      ) );
  }
}

タクソノミー glossary
ターム glossary_category
ターム glossary_tag

なんとか_category, なんとか_tag はタームではなくてタクソノミーに付けるスラッグにする方が何かと良い気がします。

コンテンツ設計的には、
カスタム投稿タイプ glossary
階層ありタクソノミー glossary_category
階層なしタクソノミー glossary_tag
がよくある感じです。

タームIDで記事数取得：
get_term( $chosen_id, 'タクソノミースラッグ' )->count

タームスラッグで記事数取得：
get_term_by( 'slug', 'タームスラッグ', 'タクソノミースラッグ' )->count

参照：codex.wordpress.org
get_term
get_term_by

購読者はユーザー名と同じスラッグの記事へリダイレクトさせる、なら以下でOK。

<?php
// 管理画面へのアクセス時に専用ページ（記事）へリダイレクトする
add_action( 'auth_redirect', 'my_auth_redirect' );
function my_auth_redirect( $user_id ) {
  $user = get_user_by( 'id', $user_id );
  if ( isset( $user->caps['subscriber'] ) && $user->caps['subscriber'] )
    wp_redirect( home_url( $user->user_login ) );
}

// 公開側へのアクセス時に専用ページ（記事）へリダイレクトする
add_filter( 'request', 'my_request' );
function my_request( $query_vars ) {
  if ( ! is_admin() ) {
    auth_redirect(); // ログイン必須にする

    if ( current_user_can( 'subscriber') )
      $query_vars = array( 'name' => $GLOBALS['current_user']->user_login );
  }

  return $query_vars;
}
?>

メンバー系プラグインを使うならコンフリクトにご注意。

テーマフォルダの functions.php に以下をコピペ：

<?php
function my_posts_where( $where, $query ) {
  global $wpdb, $post;

  if ( 'DESC' == $query->query_vars['order'] )
    $where .= $wpdb->prepare( " AND $wpdb->posts.post_date < %s", $post->post_date );
  else
    $where .= $wpdb->prepare( " AND $wpdb->posts.post_date > %s", $post->post_date );

  return $where;
}

function my_get_posts( $args ) {
  global $post;

  $args = wp_parse_args( $args, array(
    'suppress_filters'	=> false,
    'tax_query' => array(
      array(
        'taxonomy' => 'category',
        'terms'    => wp_get_object_terms( $post->ID, 'category', array( 'fields' => 'ids' ) )
      ),
    ),
  ) );

  add_filter( 'posts_where', 'my_posts_where', 10, 2 );
  $posts = get_posts( $args );
  remove_filter( 'posts_where', 'my_posts_where', 10, 2 );
  return $posts;
}
?>

記事一覧を表示するところのコード例：

<?php
$ps = my_get_posts( 'order=ASC&posts_per_page=-1' ); // これでお求めの記事を取得
foreach ( $ps as $post ) {
  setup_postdata( $post );
?><p><?php the_title(); the_time( ' Y.m.d. H.i.s' ) ?></p><?php
}
wp_reset_postdata();
?>

※コードを貼付ける時は複数の <?php と ?> が入れ子にならないように注意。

#WP 3.4.1 で検証

投稿画面の本文に
[gallery columns='3' exclude='4,5']
*ように* 入力して、指定したID の画像がギャラリーから除かれるのを確認しました。

content-gallery.php の

<div class="post-thumbnail"><?php echo do_shortcode("[gallery columns='3']"); ?></div>

の箇所では exclude 指定していないので除外はされません。

<div id="info_content" class="main-content">
    <?php the_content(); ?>
</div>

の箇所で、投稿本文内に exclude 指定の gallery ショートコードがあれば
指定したID の画像がギャラリーから除かれて表示されます。

解決していなければ「解決済」にしなくて良いと思います◎