こんにちは。
3ヶ月前の投稿ですので、すでに解決されているかと思いますが、
私は難しいことはできないのでプラグインをインストールして簡単に解決しました。
調べたところ、woocommerceには商品カテゴリーの順番を並び替える機能がないので、
プラグイン「category Order and Taxonomy」を使うといいそうです。
このプラグインをインストールと有効化すると、左メニューのwoocommerceの「商品」に
Taxonomy Orderが追加されます。
ここで商品カテゴリーの順番をドラッグして変更し、更新をすればできると思います。
ネットでプラグイン使い方、category Order and Taxonomyと検索すれば
使い方を説明しているサイトが見つけられるかと思います。