masarasn

自己解決いたしました。

そもそも「パーマリンク設定：投稿名」なので
http://ドメイン/prefecture/
上記が投稿なのか判別が出来ないのですね。

そもそもカスタムタクソノミーのターム一覧テンプレートというものは無いみたいですね。

固定ページをスラッグprefectureで作成後、page-prefecture.phpの作成で対応出来ました。