追加で実験してみました
サブディレクトリが有っても無くても上書きされます
問題は他にありますね
coreserver の管理画面にある cgi インストールで WordPress を選択
との理解でよろしいでしょうか？
別に問題無くインストールが出来ましたけど？
違う点は
＞独自ドメイン/サブディレクトリ1
のサブディレクトリ1を作らないで wordpress のインストールで
ディレクトリを作成させればインストール出来るのではないでしょうか？
cgi でのインストール先に
/public_html/独自ドメイン/サブディレクトリ1
を指定しますが
事前にサブディレクトリ1を作らない若しくは削除しておく
でやってみてはいかがでしょうか？
coreserver 上でマルチドメインで運用される場合
ドメインウェブの設定で
１番上にある Main の欄のドメイン名を blank と入れて
２番目の Sub1 の欄のドメイン名を xxxx.com （取得されたドメイン名）
を入力し 一番下にある ドメイン設定 のボタンを押して確定
public_html の下にディレクトリ xxxx.com (取得されたドメイン名）を作成
/pbulic_html/xxxx.com/
に index.html を作成
/pbulic_html/xxxx.com/index.html になります
取得したドメイン http://xxxx.com/index.html が参照出来れば
DNSも問題有りません
次にwordpress を /public_html/xxxx.com/ の下に展開すればアクセスできると思います
coreseverの場合 .htaccess を適宜書かないとエラーを吐きます
ご参考になれば幸いです
