同じ症状です。
サイト内のカテゴリーへのリンクがすべてきかなくなっていました。
当方、Top Level Categoriesのプラグインを使用していたのですが、
これを無効にするとURLに/category/がつき、正常に表示されます。
この/category/が邪魔なのになぁ、、、と、
プラグインを使っていたので、困ってます。
要は、プライグインが3.1に未対応ということでしょうか。。。
自己解決したので、以下に書いておきます。
—-
●「caption」のテンプレートを使っている場合（私がそうだったので…）
nextgen-galleryフォルダ
↓
viewフォルダ
に、ギャラリーのテンプレートが入っています。
今の場合は「caption」テンプレートを使っていたので、
gallery-caption.php を自分好みにカスタマイズします。
今回の場合は、を削除し、
cssで、.ngg-gallery-thumbnail img:hoverを修正
以上でした。
テンプレートを選択できる、ってことに気づいて・・・
phpをさわれるので、いろいろ応用できそうです。
改めて便利だな～と思わされました。。。
