momozo

おかげさまでありがとうございました。

最終的には、
●Index.phpは、pinboard_posts_nav() の呼び出しを削除、参照サイトにあったquery_postsの部分と思われる所（<?php if( have_posts() ) : ?>以降）はそのまま削除しませんでした。（表示崩れするため）

<div id="container">
<section id="content" <?php pinboard_content_class(); ?>>
<?php if( is_category( pinboard_get_option( 'portfolio_cat' ) ) || ( is_category() && cat_is_ancestor_of( pinboard_get_option( 'portfolio_cat' ), get_queried_object() ) ) ) : ?>
<?php pinboard_category_filter( pinboard_get_option( 'portfolio_cat' ) ); ?>
<?php endif; ?>

<?php if( have_posts() ) : ?>
<div class="entries">
<?php while( have_posts() ) : the_post(); ?>
<?php get_template_part( 'content', get_post_format() ); ?>
<?php endwhile; ?>
</div><!-- .entries -->
<!-- MORE READじゃないかと思われるので削除-->
 <!-- <?php pinboard_posts_nav(); ?> -->
<?php else : ?>
<?php pinboard_404(); ?>
<?php endif; ?>
</section><!-- #content -->

●functions.php に pre_get_posts の呼び出しを追加しました。

ただし、実際のところ、functions.php に追記しなくても、最初のindex.phpへの query_postsの追加でも、pinboard_posts_nav() の呼び出しを削除すれば、結果は同じでした。
また、次のページへ送るナビを削除してしまったようなので、指定数以上の表示件数になった場合、次のページには行けません。ただし、私のサイトでは問題ないので、そのままにしています。

なにぶん、phpの仕組みがよくわかってないので、手探りでたまたまうまくいった感がありますが、色々参考になりました。ありがとうございます。