nekomimiTaicho

1001という投稿IDがついた記事が別に存在していて、重複になるので-2が着くのだと思います。
投稿IDとは、記事を編集している時のアドレス（http://ドメイン/wp-admin/post.php?post=1001&action=edit）のpost=1001の部分です。

投稿ID自体はデータベースで同じ番号にならないようになっているので、パーマリンクを数字のみではなく、なにか英字などを含めるほうがお好みの番号でつけられると思います。

もともとのがあって、同じドメインだというなら、DBもWordPressもそのまま移行して
wp-config.phpの情報を新しいMySQLの設定に変えてあげるほうがシンプルだと思います。

ドメインが違う場合にはDBの書き換えなどが必要になりますが・・・。

WordPress Codex日本語の「ログインパスワードを変更・再発行する」はご覧になりましたか？
「ログインパスワードを変更・再発行する」

ここに「パスワードが分からないときは」という部分でphpMyAdminからパスワードの再設定方法が書かれています。
試してみましたか？

本番サイトでいきなりプラグインを更新してしまいましたか？

通常WordPressやプラグインなどを更新する際には、データなどのバックアップを取り、問題のないテスト環境で確認してから行うものなのですが・・・・

WordPressはパッチという形で出していないですよね。

もし影響がどのようにでるのか・・・ということであれば、ローカルなりテストサーバー上でおなじものを（バージョンも含めて）作成し、一つ一つ確認してOKが出てから本番で行います。
というかWordPressに限らずですが。

おなじ人が作っているサイトでもまったくおなじWordPressというものはありえませんし、個々にインストールされているプラグインやテーマが違いますから、一般論として・・・としても、上記のように影響を確認してアップデートをするのが運用の基本だと思います。

WordBenchなどの各地の勉強会でもみなさん同じようにアップデートを薦めるお話をされていますね。

クライアントからそのような相談を受けた場合には、サーバー環境を変えるか、アップデートしやすくなる方法で運用できるように、全力で説得します。

そもそもこまめにアップデートしていると、プラグインなど大きく影響を受けるということも最小限で済みます。なにもしないでいることは高いリスクを負っている・・・ということを説明しているいないでは、そもそもの対応が違いますから。

こまめにセキュリティリリースがあるというのは、それだけ細かく対応してくれているということなので、決してネガティブではありません。

ホームページビルダー17のテーマは結構しっかり作ってあるので、このCSSをキチンと理解してカスタマイズするのはCSS上級者でないとキツイなーと個人的には感じています。

z-indexとは重なり具合をあらわしていて数字が大きいほど上にきます。
.homeが付いているのでトップだけ重なりが上に来ていて、他のページが下に来ているのかなと感じました（が、すいません。ちゃんと見ていたわけではないので確証がないですが）。

逆に外してしまって、トップページもナビが触れなくなったとしたら、逆にすべての#hpb-main-navに対してもz-indexで上になるような大きい数字を入れてみると出来るのかもしれないなと。