nornor

ヒント形式となりますが・・・

format
（文字列） アーカイブリストの形式。有効値：

* html （初期値） – HTML のリストタグ（
<li>）と before・after の文字列。
* option – セレクトボックスまたはドロップダウンメニュー用のセレクトタグ（<select>）内のオプションタグ（<option>）。
* link – リンクタグ(<link>)内に。
* custom – Custom list using the before・after の文字列を用いたカスタムリスト。

今回narumiさんが変更したい部分は上記部分に該当します。
html(初期値)とある部分を見てください。
初期値、ですのでwp_get_archivesを使用しなおかつformatというパラメータを指定していない場合この初期値部分が書き出されます。
初期値部分には「HTML のリストタグ（<li>）と before・after の文字列。」と書いていますので、wp_get_archivesで出力されるものは<li>タグに囲まれた各記事へのリンク、となります。
<?php wp_get_archives(); ?>
と記述した場合には

<li><a href="該当記事URL">該当記事タイトル</a></li>
<li><a href="該当記事URL">該当記事タイトル</a></li>
<li><a href="該当記事URL">該当記事タイトル</a></li>

となります。

それで、naomiさんのやりたい事というのが<li>にclassを追記する、
もしくは<li>の後に <span> を入れたい、ですよね。
formatの説明中に該当する箇所は

* html （初期値） – HTML のリストタグ（<li>）と before・after の文字列。
* custom – Custom list using the before・after の文字列を用いたカスタムリスト。

この２つになります。
html(初期値)であれば・・・・<li>(beforeで指定した文字）<a href="該当記事URL">該当記事タイトル</a>(afterで指定した文字)</li>
となるし、customの場合・・・・
(beforeで指定した文字)<a href="該当記事URL">該当記事タイトル</a>(afterで指定した文字)
となるからです。

spanを追加したい場合にはhtml(初期値)を使用し、classを追加したい場合にはcustomを使用します。
beforeとafterについてはこのテンプレートタグ部分で英文のままですが、他のテンプレートタグでは日本語訳になっていたと思いますので、見比べてみて下さい。
後は…テンプレートにとりあえず書き出してみて表示させ、該当部分のソースをチェックして変化を試してみる、のがいいかと思います。

うーん、参考にするにはCodexさんがあるしと思ってましたが、自分が使った範囲だけでも例をまとめた記事とか作ってみようかしら…