npssl

wp-content/theme/index.phpは削除しません。

wordpress4.1Jaをダウンロードして解凍します
https://ja.wordpress.org/wordpress-4.1-ja.zip
wordpressフォルダの中にあるwp-contentフォルダを削除しておきます

ftpで接続するとこのようになっていると思います
web-+- wp-admin
+- wp-content
+- wp-includes
+- index.php
+- wc-activate.php ほかファイルいっぱい(以下省略)

webの下にwp-admin, wp-content, wp-includesのフォルダと沢山のなんちゃら.phpファイルが見える状態でフォルダの名前を変更します
wp-admin → wp-admin.org
wp-includes → wp-includes.org

wp-contentはそのままにしておきます

解凍したwordpressフォルダの中を全てftpでアップロードします。
wp-admin, wp-includeはフォルダ毎アップロードです
ごちゃごちゃとあるファイルもアップロードして上書きします

こんな状態になります
web-+- wp-admin
+- wp-admin.org
+- wp-content
+- wp-includes
+- wp-includes.org
+- index.php
+- wc-activate.php ほかファイルいっぱい(以下省略)

もしも、これで正常に動けば、先ほど名前を変更したフォルダwp-admin.orgとwp-includes.orgを削除してしまいます。

これでわかりますか？

仮にあなたのサイトをhogehoge.comとします。
hogehoge.comは実在するサイトなのでブラウザでアクセスできます。
(私の管理するサイトではありません)

以下は検証実験です
Value DomainでXREAの無料サーバアカウントを取得します
s401.xrea.comに無料アカウントを作成してみました。

s401.xrea.comのIPアドレスは管理メニューの項目の説明・仕様のページに記載されています。
サーバー名 s401.xrea.com
IPアドレス 203.189.105.206

ドメインウェブのページでドメインを設定します。
ドメイン名にhogehoge.com
強制のチェックボックスをon (これを設定しなければアクセスできません)

使用しているPCのhostsファイルを書き換えます
c:\windows\system32\drivers\etc\hosts

一番最後の部分に次の一行を書き足します
203.189.105.206 hogehoge.com

コマンドプロンプトを起動して次のコマンドを叩きます
ipconfig /flushdns

これでXREAのs401.xrea.comサーバに設定したhogehoge.comにアクセスできます。
ただし、このPCでは正しいhogehoge.comにはアクセスできなくなりました。
PC1台では、既存のサイトを確認しながらwordpressのサイトを構築できません。

元に戻すには、hostsファイルの
203.189.105.206 hogehoge.com
を削除した後にコマンドプロンプトで
ipconfig /flushdns
を実行してください

このような使い方が出来るところを、私は他に知りません。
無料サーバアカウントは制限があるのでとてつもなく遅い時もあります。
広告が挿入されます。

いわゆるレンタルサーバ(ロリポップとかチカッパとか)ならばホスティング業者に連絡した後に、アカウントのパスワードを変更でしょう。

また、専用サーバ、VPSと言われる形態ならばroot,ftp,ユーザ等アクセス権のある者全てのパスワード変更ですね。

なお、phpだけでなく、記事の中に不正なスクリプトが挿入されるケースもあるので、全ての記事をチェックする必要もあるかと思います。

もしも、改竄前のDBバックアップがあればバックアップより復旧させた後にWordpress全ユーザのパスワードを変更ですね。

Flickrのプラグインって240種以上あるので、どのプラグインか特定しないと何もわからないってことです。
あと、ドメイン費用を支払っておられるのは、wordpress.comに対してではないでしょうか？