知り合いのプログラマの協力により、下記の方法で自己解決しました。
404.phpの頭で
<?php
if($_GET["ec3_listing"]=="events"){
?>
/*====================================
ここにスケジュール記事がないときのテンプレート
====================================*/
<?php
}else{
?>
/*====================================
ここに通常の404テンプレート
====================================*/
<?php } ?>