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All in One SEOは使用していないので確実ではありませんが、%category_description%で何とかなりませんか？
%category_description%で、各カテゴリーの説明に設定した文字が表示されると思います。

WPのマルチサイト化によるマルチサイトの場合は、個別に設定出来るようですが、どのようにマルチサイトを構築したのでしょうか？

WPのタグや関数ではありませんが、条件分岐を活用すれば可能だと思います。

<?php
$posts_data = get_posts('numberposts=20&category=5');
if($posts_data) {
	$item = 1;
	foreach($posts_data as $post) {
		if($item == 1) { ?>
		<div class="listbox01">
			<ul>
		<?php
		} elseif($item == 11) { ?>
		<div class="listbox02">
			<ul>
		<?php } ?>
			<li><a href="<?php the_permalink(); ?>"><?php the_title(); ?></a></li>
		<?php
		if($item == 10 || $item == 20) { ?>
			</ul>
		</div>
		<?php
		}
		$item++;
	}
} ?>

http://php.net/manual/ja/control-structures.if.php
http://www.php.net/manual/ja/language.operators.comparison.php

意味は分かりませんが、”errPosRight”は、classを付与している場合にも追加されています。

アップグレード前は反映されていて、アップグレード後にデザインが崩れたのですね？
テンプレートコンテンツの設定を変更していないのでしたら、記述に間違いはないと思います。

[選択項目1]
type = checkbox
class = test

[選択項目2]
type = checkbox
class = test2

上記ではvalueを指定していませんが、省略しているだけですか？
checkboxの場合、classは各選択肢に付与されます。

記述に間違いはないと思いますし、カスタムフィールドテンプレート以外のプラグインをすべて停止して確認してはいかがでしょうか？

投稿画面で、カスタムフィールドテンプレートで作成した項目に、CSSが反映されなくなったのですか？
最新版でも指定したclassは付与されていますので、ソースを表示して確認してみてください。

操作方法が変わったようです。
http://ebisu.com/memo/photodropper

書籍などの情報の場合は、出版元にサポート情報がないか調べてみることをおすすめします。

なぜか管理者宛のメールが多いですね。
私の方は2通だったので、Registered UserとAuto Subscribeの分なのかと思っていました。
Your SubscriptionsでRegistered Userとしての設定が変更できますので、すべて未チェックにしたら1通になりました。
7.2でも大丈夫なはずですから、バージョンアップしてはいかがでしょうか？

プラグインのファイルを直接変更する事になりますが、次のようにすると任意のカテゴリを非表示に出来ます。
[wp-content/plugins/subscribe2/subscribe2.php]display_category_form()内

// この関数の開始から17行程度
		foreach ( $all_cats as $cat ) {
			if ( $cat->term_id == ここにFeatured SmallのカテゴリIDを指定 ) continue; // この行を追加
			if ( $i >= $half && 0 == $j ){
				echo "</td><td width=\"50%\" align=\"left\">\r\n";

単に出力しないだけですので、他への影響はないはずです。（除外カテゴリの設定でも表示されません。）

とりあえず、既存のテーマの機能面を変更せずそのまま使用し、デザインだけを変更する場合は、(X)HTMLおよびCSSが分かれば大丈夫です。