テーマ開発者の今村と申します。
今のところですが、ヘッダーに設定したナビゲーションはページ内スクロールには対応させていません。
制作案件でも同様の挙動を求められることがあるので、カスタマイズすることもあります。
恐れ入りますが、私が提供しているサポート専用のウェブサイト「サポトピア」内で提供する有償の質問・回答サービス「個別サポート」内で相談を受けたり、具体的なコードを提示することは可能です。
・個別サポート
https://support.animagate.com/personal/
私が提供するサービスを利用いただく方との公平性を保つため、この無料のフォーラム内での回答はできかねます。
何卒ご了承ください。