uploads内の.htaccessファイルを削除することで解決しました。
追記：
FTPで以下をバックアップ
・テーマ
・プラグイン
・メディア
これをサブドメインのWordPressに上書きしました。
この段階では、サブドメインWordPressのメディアライブラリは正常に動いています。
次に、レンタルサーバーから「phpMyAdmin」にログインし、これもインポートして上書きしました。ここでサブドメインWordPressのメディアライブラリに新しい画像をアップロードするとサムネイルが表示しませんでした。
