<a href="https://github.com/WordPress/WordPress/blob/4.4-branch/wp-includes/comment.php">wp-includes/comment.php</a>
を見るとわかるのですが、WordPress4.4からwp_handle_comment_submission関数が新しく追加されています。
これにより、pre_comment_on_postで呼び出したタイミングではメールアドレスは変数に値が既にセットされているため、入力内容を変更しても反映されなくなってしまいました。
対応策については下記の記事を良かったら参考にしてください。
WordPrss4.4でコメント欄のメールアドレス入力を任意に変更する方法