takuya

コメントが受け付けないのは単純にコメントを受け付けない設定にしているからではないでしょうか？設定を確認されましたか？

これは仕様ですよね。トラックバックURLをテキストフィールド内に入れればテーマが崩れることもありません。

プラグインは大体テーマファイル用のPHPコードがあるので、それを直接テーマファイルに書き込むことによってプラグインが表示される場所（つまりプラグインをロードするタイミングも）をコントロールできます。それぞれのドキュメントに書いてある場合が多いです。

初めて聞くケースですが、まさかuploadsディレクトリが存在していないなんてことは・・・？

Filezillaとnotepad++を使えば問題ないのでお試しあれ。

wordpress.comの話ならここじゃなくてwordpress.comに問い合わせないと・・・。

サイドバーウィジェットを管理画面から変更できないのはfooter.phpの影響ではなく、単純にサイドバーの右側部分がウィジェット対応していないからです。

ただし先に言及されているようにこのテーマのfooterは暗号化されており、通常の配布テーマではありえない手法を用いていますので使用は控えるべきでしょう。