Toro_Unit (Hiroshi Urabe)

パラメーターでは解決出来ないので、フィルターフックを使ってSQLを改変する必要があります。
meta_queryを使ってキーを指定すると、2つ目のカスタムフィールドを抽出したモノにmt1というエイリアスがつけられるのでそれを使ってSQLを書き換えます。

function my_posts_orderby( $orderby ){
    global $wpdb;
    return str_replace( $wpdb->prefix.'postmeta.meta_value', $wpdb->prefix.'postmeta.meta_value, mt1.meta_value', $orderby );
}

add_filter( 'posts_orderby', 'my_posts_orderby' , 10 );

$array = array(
    'post_type' => 'projects',
    'posts_per_page' => '10',
    'orderby' => 'meta_value_num',
    'meta_query' => array(
        'relation' => 'AND',
        array(
            'key' => 'meta_key_01',
            'compare' => 'EXISTS'
        ),
        array(
            'key' => 'meta_key_02',
            'compare' => 'EXISTS'
        )
    ),
    'paged' => get_query_var( 'paged' )
    );
query_posts( $array );

remove_filter( 'posts_orderby', 'my_posts_orderby' , 10 );

また、query_postsを使って変更すると、記事が読み込まれた後にテンプレート上でもう一度記事を読み込むことになるので、コストがかかりますし、いろんな不具合の温床となりますので、
pre_get_postsを使って以下のようにした方が良いかと思います。

<?php
add_action( 'pre_get_posts', 'my_pre_get_posts' );

function my_pre_get_posts( $query ) {
        //管理画面の時や、メインのループで無いときは無視。
    if ( !$query->is_main_query() or is_admin() ) {
        return;
    }

    //projectのアーカイブの時のみ。
    if( $query->is_post_type_archive( 'projects' ) ) {
        $query->set('orderby', 'meta_value_num');
        $meta_query = array(
            'relation' => 'AND',
            array(
                'key' => 'meta_key_01',
                'compare' => 'EXISTS'
                ),
            array(
                'key' => 'meta_key_02',
                'compare' => 'EXISTS'
                )
            );
        $query->set('meta_query', $meta_query);

        add_filter( 'posts_orderby', 'my_posts_orderby' , 10 );

    }
}

function my_posts_orderby( $orderby ){
    global $wpdb;
    return str_replace( $wpdb->prefix.'postmeta.meta_value', $wpdb->prefix.'postmeta.meta_value, mt1.meta_value', $orderby );
}

URLの後ろに、

http://example.com/category/hoge/?order=DESC&orderby=post_title

みたいな形でパラメーターを渡すと並べ替えが出来ます。

渡せるパラメーターは、関数リファレンス/WP Query – WordPress Codex 日本語版 の順序＆順序ベースパラメータの項目を参考にしてみて下さい。

header.php や footer.phpはそれぞれ、get_header()、get_footer()等の関数の内部でincludeされます。
なので、footer.phpで定義した変数は、footer.phpでのみ使用可能なローカル変数となります。

index.php等のパーツではないテンプレートやfunctions.phpでの変数はグローバル変数となります。
index.phpで

$hoge = 'hoge';

という変数を定義した場合は、footer.phpでは

global $hoge;
echo $hoge // hogeが表示

のように変数をグローバル宣言するとアクセスできます。
PHP: 変数のスコープ – Manual
等も参考にしてみて下さい。

プラグイン作者です。
今更ですが、この問題についてですが、タクソノミーのリンク周りはあんまり複雑なコトが出来ません。get_term_link等で、

• リンクを生成する場合、複数のpost_typeに紐付いている場合に、どちらのモノか特定が出来ない
• post_typeパラメーターを追加すると、タクソノミーテンプレートより、カスタム投稿タイプのテンプレートが先に読まれる

等の問題が発生するので、URLの見た目だけ変更するという実装になっています。
一応、1.0.0で、post_typeパラメーターを追加するかどうかの設定を足しました。

こちらで対処することが出来るかと思いますが、テンプレートの読み込みなど、かなり挙動が変更されてしまう部分がありますので、ご注意下さい。

WP_User_Queryを使ってみてはどうでしょう？

http://codex.wordpress.org/Class_Reference/WP_User_Query#Custom_Field_Parameters

register_taxonomyの引数の

‘rewrite’ => array(‘slug’ => ‘event/cat’)

を、

‘rewrite’ => array(‘slug’ => ‘event’)

とすれば、一応表示は可能です。

ただし、

http://www.example.com/event/カスタム分類のターム名

という設定そのものが、既存の、

http://www.example.com/event/投稿のスラッグ

の設定と競合を起こし、404になったり、「投稿が見つかりません」と表示される事があります。

ですので、URLを、「http://www.example.com/event/cat/カスタム分類のターム名」として設定するか、カスタム投稿側のパーマリンク設定を、post_idを使うようにして、

add_rewrite_rule(‘event/cat/([^/]+)/?$’, ‘index.php?events_cat=$matches[1]’, ‘top’);

の設定を、数字のみのものにはマッチしないように変える必要があります。

IE11だと未検証なのですが、IE10以下で、cssに Helvetica , Helvetica None　等が、設定されていると、JSを動作させたタイミングで、ブラウザが落ちる不具合があります。

contact form 7にその手のCSSが存在していないので、テーマのCSS等を確認してみて下さい。

カスタムフィールドの全文検索は相当時間がかかるので、
カスタムタクソノミー（カスタム分類）を使用すると、データベースにインデックスが設定されているため、そこそこ高速に動作するようになると思います。

エリアやジャンルなどは、タクソノミーにしやすいものだと思います。