Towa

開発元へ直接やり取りをし、解決致しましたので解決済みとさせていただきます。
これからもし、私と同じ状況になった方がいらっしゃった時の為に解決した方法をここに記しておきます。

1.関連記事のサムネイルを変えたい記事へ行きます。
2.右上の表示オプションからカスタムフィールドにチェックします。
3.ページ中部にカスタムフィールドの項目ができるので、任意の名前を入力し、値に関連記事を表示にさせる画像のURLを一つ貼り付けて、更新します。
4.Wordpress relatedpostの設定に行き、Use custom field for thumbnailsにチェックし、先ほど登録したカスタムフィールドを選択し、保存。
5.関連記事に指定した画像が表示されていれば成功です。

あとは同じ要領で、各記事に3番で登録したカスタムフィールドを指定し、画像のURLを設定し更新していきます。

以上です、ありがとうございました。

digit@maetelさん
お返事遅くなってしまい申し訳ありません。
どこを調べても私のような症状が出ている情報がなかったもので、互換性は高いんだろうなと思っております。
Exrayを試していただけるということ、有難うございます。
お手数をおかけして申し訳ないです。

因みにExrayはつい最近1.4.3が出ましたが、私はその前の1.4.2をまだ利用しています。
色々とテンプレートを弄ってしまったもので、お引越しがめんどくさく・・。

二つ目のバージョンも試してみましたが、同じようでした。
プラグインの干渉ですか・・。
一つ一つオフにしてどうか、ってところですかね。。

因みに今使っているプラグイン

About Me 3000
Acunetix WP Security
Akismet
All In One SEO Pack
BackWPup
Better Delete Revision
Broken Link Checker
Category Order and Taxonomy Terms Order
Contact Form 7
Crazy Bone (狂骨)
Duplicate Post
Easy FancyBox
Google XML Sitemaps
Jetpack by WordPress.com
jQuery Archive List Widget
jQuery Smooth Scroll
Limit Login Attempts
Link Manager
Multi Device Switcher
PuSHPress
Search Meter
Simple Tags
Theme Authenticity Checker (TAC)
Tweet, Like, Google +1 and Share
Ultimate TinyMCE
Video Thumbnails
WordPress Database Backup
Wordpress Popular Posts
WordPress Related Posts
WP Multibyte Patch
WP Page Numbers
WP Total Hacks

停止しているプラグイン
Wordpress Backup (by BTE)
WP-DBManager

どれも必要なものだと感じてインストールしたのですが、なにか衝突するプラグインはあるのでしょうか..

因みに記事はこのように設定しております。
http://dfu-tserver.aa0.netvolante.jp/wp-content/uploads/2014/07/imag511e.jpg

Related Postの設定です。
http://dfu-tserver.aa0.netvolante.jp/wp-content/uploads/2014/07/imag52552e.jpg

参考になれば幸いです。