こんにちは。
お名前ドットコムの共用サーバーSDの場合、Let’s Encryptを適用する要件として
プライマリDNS：dns01.gmoserver.jp
セカンダリDNS：dns02.gmeserver.jp
となっています。
お名前ドットコムの共用サーバーSDを使用する場合はそのDNSを使う仕様になっているのかも
しれませんね。
しかし、Let’s Encryptだけの問題であればCloudflareにもFreeで使用できるSSL/TLS設定はありますのでそれを使えばよいのではないでしょうか。
また、数年前にCloudflareなどのCDNでパフォーマンス改善が行われ、その後に各レンタルサーバーの
スペックなどが向上してからそれは不要とする人が出てきました。
さらに最近、CDNも改善されてきていることから再びCDNを採用する動きもありますので、
CloudflareのProxy StatusをProxiedとDNS Onlyで切替ながらパフォーマンステストをしてみては
いかがでしょうか。
