umbrella_process

わざわざ代替テキストを取得しなくてもwp_get_attachment_image()を使えば画像を表示できますが…。

<?php
$attachments = get_children(array('post_parent' => get_the_ID(), 'post_type' => 'attachment', 'post_mime_type' => 'image', 'orderby' => 'menu_order'));
if(!empty($attachments)){
	foreach($attachments as $attachment){
		echo wp_get_attachment_image($attachment->ID,'large');
	}
}
?>

ギャラリーの順序で指定した順番で取得できますので、1つめの画像はこの位置、2つめの画像はこの位置、みたいなデザインが出来ます

プラグインで一括置換すれば良いと思います。
http://wordpress.org/extend/plugins/search-regex/

こちらは未解決？解決済み？
質問の答にはなってませんがカスタム投稿タイプを使うにはCMS Pressというプラグインを使うのが簡単だったりします。
http://wordpress.org/extend/plugins/cms-press/

データベースの文字コードがUTF-8なのであれば、PHPの標準文字コードがEUCになっているのじゃないかと思います。確認できますでしょうか。

割り当てられなかったカテゴリ名で投稿を見ようとしても、選ばれたほうのカテゴリ名がついたURLにリダイレクトしたので、複数のパーマリンクが存在することはない

おっと、そうなんですね。認識間違いでした。すみません。

カスタム投稿タイプについてはCodexを参照ください。
名前空間付きカスタム投稿タイプの URL

追記、すみませんすでに使ってるんですね。
こんな感じのCSSで行けると思いますが。。。
li ul { display: none; }
li.current_page_item ul { display: block; }
li.current_page_ancestor ul { display: block; }

僕も質問をよく見ていませんでした。すいません。
shokun0803さんの指摘通りでエラーがでなくなると思います

$cur_tag[] = get_the_tags();
    extract(shortcode_atts(array(
    'num' => 5,
    'tagname' => $cur_tag[0]->name,
    'format' => 'Y/m/d'
    ), $atts));

「記事しか表示されない」というのは、本文しか出していないのでそうだと思います。
テンプレートタグを調べていただければ本文以外の情報も出力できます。