uple

ishitakaさん、ご回答ありがとうございます。
そして、申し訳ございません！

頂いた内容をもとに再度確認を行ったところ、
同じドメイン内の別WordPressへ
ログインしていたことが発覚しました。

しかし、おかげさまで問題は解決できました。
この度はありがとうございますm(__)m

• この返信は6年、 4ヶ月前にupleが編集しました。

jim912さま

お返事ありがとうございます！

負荷が大きいとのことで、テーマが適用された時だけ
動くようにして試してみました。

function theme_activate() {
    global $pagenow;
    if(is_admin() && $pagenow == 'themes.php' && isset($_GET['activated']))
        do_action('theme_activate');
}
add_action('init', 'theme_activate');

function theme_activated() {
	update_option('permalink_structure', '/%postname%/');
	flush_rewrite_rules();
}
add_action('theme_activate', 'theme_activated');

これで、パーマリンクの記述自体は変更されますが、
ページにアクセスると、やはり404エラーになってしまいます。

テーマ変更前に設定 ->パーマリンク設定で
「デフォルト」以外のパーマリンクを設定するか、
テーマ変更後に設定 ->パーマリンク設定で
「変更を保存」をクリックしないと、
パーマリンクが正常に反映されないようです。

できれば、パーマリンクが「デフォルト」の状態でも
テーマを適用するだけで、パーマリンクを変更したいのですが、
難しいのでしょうか？

こちらのプラグインを使用することで
解決しました。

http://wordpress.org/plugins/last-name-first-name/