Nana

なんだかんだで自己解決することができました。
質問もわかりづらくてすみませんでした。

taxonomy.phpがあっても、結局はsingle-custom001.phpが優先されるので
プレビューもフロントもsingle-custom001.phpが表示されますしね^^;

下記が解決後のsingle-custom001.php内記載のサンプルコードです。
■条件分岐に使う変数定義部分

$taxonomy_var = get_post_taxonomies($post->id); // ターム取得のためのタクソノミ
$terms_array = get_the_terms($post->id, $taxonomy_var); // スラグ取得のためのターム配列
$slug_var = $terms_array[0]->slug; // 配列からスラグ取得

■変数使って条件分岐してインクルード

<?php if ( preg_match('/itemtype001-1/', $slug_var )): ?>
<?php include ( TEMPLATEPATH . '/item_type01.php' ); // or get_template_part() ?>
<?php endif; ?>

上記のコードで問題なくプレビューでも”スラグ”や”タクソノミ”その他で
条件分岐できるようになりました。
スラグとかタクソノミとかタームとか、未だに区別がつかないです・・・。
こんなソースで参考になれば幸いです。
※includeは諸事情により使っています。get_template_part()でも可。