syntaro様、Aki Hamano様、ご回答頂きありがとうございます。
Aki Hamano様が仰るとおり、admin_menuフックでメニューを書き換えようとしています。
コード自体が間違ったものではないとのことで安心しました。
どこまでメッセージに従うべきなのか加減が分からなかったのですが、場合によっては「WordPress-Extraをルールに含めない」「その箇所だけそのルールを無視する」という方法を取った方が良いのですね。
具体的な対処法まで詳しく教えて頂き、本当にありがとうございました。