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たしかにSafariで見ると上に隙間がありますね…。

行をまたぐことで消える理由は分かりませんが、Chromeの場合だと一行か二行かに関わらず、下に隙間ができるかと思います。

この場合は、親要素（section）のline-heightやfont-sizeを0にするか、posts-listingにvertical-alignでbottom（baseline以外？）などを指定すれば隙間はなくなるかと思います。

個人的にはgblsmさんが示された通りinline-blockをやめる方法がいいと思います。

あと、3つ目のソースだとulタグが正しく閉じられない気がします。

Hinaloeさん

すみません、そこまで見ておりませんでした。ありがとうございます。

head内に記述するのであれば、

<script type="text/javascript">
$(function(){
 jQuery('.slider').glide();
});
</script>

DOMが準備出来たタイミングで実行させるといいと思います。

while ($chk = $cnt % 3) :

この部分について、$cntを0で初期化しているので、どの数値で割っても余りは0になり、whileの中の処理は実行されません。

$box_name = array( 'left', 'center', 'right' );
$cnt = 0;
while ( $chk = ( $cnt + 1 ) % ( count($box_name) + 1 ) ){
	echo $box_name[$chk-1];
	$cnt++;
}

無理矢理やろうとするとこんな感じの処理になるんでしょうか…。

この書き方は、条件分岐のなかで代入と評価を同時に記述できるのでスマート…なのですが、あまりおすすめしません。
for文を使うか、この場合はforeachを使うのが適切ではないかと思います（あくまでご掲示のコードに沿ったら、という意味なので、gblsmさんが投稿されたように、そもそも$box_nameをループで出力させる必要はないはずです）。

3.1.1の仕様はconf.iniの中でテーマごとに分けていたのでしょうか？そうなるとカスタマイズする箇所が多くなりそうな感じですね…。

テーマごとの指定の仕方とか、詳しい仕様がないとどうしようもない気がします。

バックアップがあれば、カスタマイズした箇所を発見できるかとは思いますけど、3.1.1と3.3.0ではかなり内容が違うようなので、すぐには移植できないかもしれません。

page-***.phpを読み込むときはquery_varsからpagenameを持ってくるので、階層構造が維持されないようですね。

こんな感じのフィルターを入れてあげると’page-sp-faq.php’みたいなテンプレートを読み込めるかと思います。

function my_page_template ( $template ){
	global $post;
	$post_type = get_post_type_object($post->post_type);
	if ( $post_type->hierarchical ){
		$slug = get_page_uri($post->ID);
		$slug = str_replace( '/', '-', $slug );
		$buf_template = locate_template('page-' . $slug . '.php');
		$buf_page_template = get_page_template_slug();
		if ( !empty($buf_template) && empty($buf_page_template) ){
			$template = $buf_template;
		}
	}
	return $template;
}
add_filter( 'page_template', 'my_page_template' );

グローバルの$postを使用しているので、get_page_uri()ではなくて、$wp_query->query[‘pagename’]から引っ張ってきてもいいかもしれません（hierarchicalの判定も必要ないような…）。

パーマリンクの設定を更新してみてはどうでしょうか。