xxxpudding

＞スタイルシートでインデントやマージン設定をしても効かないのです。
＞なぜでしょうか？

私のテスト環境ではちゃんと効いているのですが、pocopocoさんがお使いのテンプレートではcssの優先順位が負けてる可能性がありますね…＠＠；

まず、私の書いた以下のCSSをstyle.cssの一番下（←重要！）に記述されましたでしょうか？

ul.category .cat-item { /*親カテゴリーの名前（非リンク）*/
	color:#66FF00;
}
ul.category .cat-item a{ /*親カテゴリーの名前（リンク）*/
	color:#0000FF;
}
ul.category .children .cat-item a{ /*子カテゴリーの名前（リンク）*/
	color:#FF9933;
}

それでもcssが効かない場合は、上記のcss指定よりも優先度の高い指定がある為、そちらが有効になっていて、上記のcssが無効になっているのかと思います。

上記のcssをstyle.cssに追記して文字色は変わったが、インデントやマージンが効かないという場合は、直前の要素のfloatが解除されていない可能性があります。

これはテンプレートの作りやcssを見てみないと分からないので、今私が具体的に、解決に至るcssを書く事は出来ませんが、以下の2つの方法を試して見てください。

①私の書いたテンプレート側のコード1行目、
<ul class="category">
を
<ul id="category">
に変更し、style.cssの一番最後に以下を記述
（前回書いたものは削除してください）

ul#category .cat-item { /*親カテゴリーの名前（非リンク）*/
	color:#66FF00;
}
ul#category .cat-item a{ /*親カテゴリーの名前（リンク）*/
	color:#0000FF;
}
ul#category .children .cat-item a{ /*子カテゴリーの名前（リンク）*/
	color:#FF9933;
}

②（文字色が変わっていてマージン等が効かない場合）
私の書いたテンプレート側のコード1行目、
<ul class="category">
の一行上に、
<div class="clearfix"></div>
と記述してください。これはフロートを解除する為です。

上記の２つを行っても改善されない場合は、間違いなくcssの優先度が弱くcssが効いていないか、セレクタの指定が間違っていますので、スペルが間違っていないかや、クラスとidを間違えていないか等を確認してください。

ul#categoryより上位のセレクタから記述してあげれば、恐らく改善するのではないかと思います。

cssの優先順位については、以下のサイトに分かりやすく記載されていましたので、参考にしてみてくださいね。
http://www.stylish-style.com/csstec/base/order.html

親カテゴリーB、Cにも子カテゴリーがあるものとして考えておりました；

子カテゴリーが存在する場合は子カテゴリーにリンクを張り、子カテゴリーが無い場合は、親カテゴリーに、自身のカテゴリーページにリンクを張るように修正してみました。

<dl>
<?php $categories = get_categories( 'parent=0&hide_empty=0' );
$childrenFlg = false;
foreach($categories as $category):
$catName = $category->name;
$catID = $category->cat_ID;
$catUrl = get_category_link($catID);

if(get_category_children($catID)){ //子カテゴリーの有無をチェック
	$childrenFlg = true;
}else{
	$childrenFlg = false;
}

if($childrenFlg == false){ //子カテゴリーが無い場合は親カテゴリーページにリンク
echo '<dt><a href="'.$catUrl.'">'.$catName.'</a></dt>';
echo '<dd>'.wp_list_categories("child_of={$catID}&title_li&show_option_none=").'</dd>';
}else{ //子カテゴリーがある場合は親カテゴリーにリンクを張らず、子カテゴリーをリスト表示
echo '<dt>'.$catName.'</dt>';
echo '<dd>'.wp_list_categories("child_of={$catID}&title_li").'</dd>';
}
endforeach;
?>
</dl>

また、「不要な親カテゴリーはget_categoriesのパラメータにexcludeでidを指定してあげてください。 」というのは、このメニュー一覧に掲載したくないカテゴリーを指定して除外するので、リンクを張らなくなるのではなく、リストから消えてしまいます。

例えば、

日本料理（親カテゴリー）
　┗デザート
　┗主食
　┗おかず

フランス料理（親カテゴリー）
　┗デザート
　┗主食
　┗おかず

中華料理（親カテゴリー）
　┗デザート
　┗主食
　┗おかず

私のブログ（親カテゴリー）
　┗仕事
　┗趣味
　┗恋愛

といった感じで、最上位のカテゴリー構成がされている場合「私のブログ」は他のお料理コンテンツと一緒に掲載するのは変な感じがしますよね。
こういう時はget_categoriesのパラメータexcludeに「私のブログ」カテゴリーのidを指定してあげると除外する事ができます。
「私のブログ」のカテゴリーIDが7だとして具体的に書くと、上記コードの2行目、
<?php $categories = get_categories( ‘parent=0&hide_empty=0’ );
を、
<?php $categories = get_categories( ‘parent=0&hide_empty=0&exclude=7’ );
というように&exclude=7を追加します。