当方も知識がなく、同じ症状で4.0のアップデートに苦しんでいたのですが、
digit@maetelさんの言われた通り、
手動で「wp-includes」ディレクトリ以下と、WordPressのルートの17ファイル(wp-config.php 以外)を入れ替えて、正常にログインできる状態に戻したのち、
下記のキャッシュ系のプラグインを抜くことで正常にダッシュボードから4.0へアップデートできました。
「WP File Cache」のプラグイン削除。
wp-contentフォルダの中に生成されていた「cache」フォルダの削除。
ちなみに当方は「jetpack」のプラグインを入れたままです。
環境はサーバー:ロリポップ
参考になりますでしょうか?