自己解決しました。
<?php get_header();?>ではなく、親テーマのindexより
<div class=”<?php lightning_the_class_name( ‘main-section’ ); ?>” id=”main” role=”main”>
以前と
<?php do_action( ‘lightning_main_section_append’, ‘lightning_main_section_append’ ); ?>
以降をコピペしたところ正常に表示されました。
