yansuke

本体の移転で解決する問題なのでしょうか？

基本的にはカテゴリーのスラッグにディレクトリ名の重複問題だけと判断して大丈夫という結論ですかね。

ご回答有難うございます。

＞そこで時に起こっていることですが、サブディレクトリのサイトがルートのサイトからページ＞の一部としてリンクされてしまうこと。

これはどのようにリンクされるのですか？勝手にリンクが付くというのがわからないのですが？
カテゴリーとして勝手にリンクが出来てしまうということでしょうか。

＞両方のサイトでのパーマリンクと、カテゴリーやアドレスを注意する必要があります。

もちろんルートサイトのカテゴリスラッグは、サブディレクトリの名前とかぶってはいけないことは分かりますが、その他にも何かあるのでしょうか？

＞アップデートでご認識されないかドキドキです。
＞また検索エンジンを混乱させる元にもなっているようです。

ご認識とはどういうことでしょうか？WPのアップデートのことですよね？
又検索エンジンの混乱というのも具体的に提示して頂けますでしょうか？

すいません、全体によくわからないということなんですが。