はじめまして。もうすでに解決したでしょうか？
私も同じ事でずっと気になっていたけど、まぁいいか～と思って放置してましたが、
サイトを作成するにあたってその表示が気になったので以下の方法で私なりに
解決しました。
1. サイトネットワーク管理者ダッシュボード
2. サイト → サイト一覧
3. 該当サイト（1つ目）の 編集
4. サイト編集画面 設定タブ
5. 項目 Upload Path 部分を wp-content/blogs.dir/1/files に変更
6. 項目 Fileupload Url 部分を サイトURL/files に変更
7. 変更を保存
としました。
私は、予めblogs.dirに1のフォルダを作成しておきました。
フォルダは勝手に出来るのかもしれませんが、一応のため・・・。
注意ですが、変更するとサイトで使用している画像ファイルなどアドレスが変更に
なるため、表示されなくなります。
そこでFFFTPを使用しwp-content/uploadsから、一度全てダウンロードしてから
blogs.dir/1/filesの中に全てアップロードしました。表示等はこれで元通り。
（いらないのは後でメディアライブラリから削除で。）
そして保存スペースを確認すると待望の○○MB(%)利用中と表示されるようになりました。
以上が、私が解決した方法です。参考になれば幸いです。
