私も同じような状況です。
「TOPページの英語翻訳の作成」の状態ではenの付いた固定ページが作成されますが、公開すると、メインのURLに変わってしまい、英語版のTOPページは404エラーになります。
※新規情報を扱っているため、WEBサイトのURLをお伝えすることができず恐縮です。
テーマはSWELLを使用していますが、SWELLのフォーラムでも同じような質問を見つけているので何かあるんだろうな、と思っています。
（何度かSWELLを使用しBogoでENページを作ったことがありますが、今回のような事例は初めてです）
パーマリンクに関しては、「日付と投稿名」「数字ベース」「カスタム投稿」のいずれでも同じ結果です。
一度英ページを削除したり、Bogoを削除してインストールしなおしても状況は変わりませんでした。
一旦解決はあきらめていますが、後学のために何か追加情報があると嬉しいなと思います。
